第1集@@@@ 上一季，在撒玛利亚的步步紧逼之下，芬奇还是成功地把机器的代码，压缩至一台装有一大堆内存的手提箱里，解救了出来。 新的一季，撒玛利亚继续对芬奇一行人进行追杀。芬奇和里瑟带着手提箱登上了前往曼哈顿的渡轮，并来到了地铁站的秘密基地。芬奇试图解压缩位于手提箱中的机器，但失败了。 根逃到了俄罗斯黑客贝拉的地盘，但被贝拉出卖，撒玛利亚的人员找到了根。正在这时，里瑟赶到，救走了根，并带她来到了秘密基地。根还从贝拉的仓库里，带走了300台最新款的游戏机。他们用这些游戏机建造了一台超级计算机，来解压缩机器。但由于散热问题，超级计算机差点烧坏，里瑟从地面上搞到一瓶液氮，化解了这一危机。机器的解压缩能否成功呢？ 弗斯科被FBI调查，但最终不知为何，又被无罪释放了。芬奇也不断回忆起创造机器时，发生的一些事情。||第2集@@@@ 机器启动了，但脸部识别功能异常，而且之前建造的超级计算机运算能力也不足。里瑟和芬奇前去抢劫，得到了所需的计算机。机器恢复了正常，并且一次提供了30个号码。 根据机器提供的线索，里瑟追踪到了一个孩子，机器显示他试图炸毁一所学校，但实际上他只是为了逃学，向学校谎称今天有恐怖袭击。其他几个疑犯也都没有真正的犯罪倾向。机器似乎仍有问题。 里瑟和福斯科对剩下的27个号码进行了筛选，锁定了两个人员。其中一位是一名游客，正巧这名游客来到警局，里瑟接待了她。但她开始攻击里瑟。 机器将芬奇和根视为了威胁，并向根的耳蜗植入器发送了过大功率的信号，以示警告。根不想成为谈判的筹码，于是选择用麻药昏迷过去。芬奇发现是机器派了那名游客攻击里瑟，经过努力，芬奇终于说服了机器，机器恢复了正常。||第3集@@@@ 故事从2010年开始，还在中情局工作的里瑟和凯瑞接到上司任务，调查一个涉嫌卖情报给塔利班的士兵。在这个士兵的房间里，里瑟和凯瑞没有发现任何证据，但按照上司指示，里瑟还是开枪杀死了这个士兵。 机器给出了新的号码，里瑟前去调查，这次的疑犯叫艾里克斯·邓肯，在一家国际咨询公司的安全部门工作。邓肯被中情局带走，而为首的正是里瑟的前上司比勒。里瑟冒险救出了邓肯，发现邓肯正是之前被自己枪杀的那个士兵的弟弟。 比勒再次抓到了里瑟和邓肯，但里瑟成功逃脱，并和比勒达成默契，放弃追捕邓肯。 根被机器派到了一个快递公司，原来是运输的货物中有一批电子产品，而这些产品都被装上了恶意软件。芬奇发现，这些恶意软件会搜集用户信息，并传给撒玛利亚。||第4集@@@@ 肖终于出现，原来她被撒玛利亚的人员绑架，为了控制肖，他们给她的大脑里植入了芯片。但肖利用看守的疏忽，逃脱出来。肖怀疑自己正被人跟踪，没有立即去找队友，而是来到一家超市，拿到所需器材，试图自己把芯片取出，但没能成功。为了给芬奇他们发送暗号，肖伪造了一起谋杀案。撒玛利亚的人员也来到现场，但根及时赶到，救出了肖。里瑟和根给肖做了手术，取出了芯片。 芬奇担心肖已经被策反，肖责怪芬奇没有尽力寻找自己。肖和根重归于好，啪啪啪。芬奇分析了取出的芯片，发现那只是安慰剂。肖发现自己被队友们怀疑，非常生气，决定现在就向撒玛利亚宣战，以表明自己的立场。肖故意向撒玛利亚暴露行踪，引来了撒玛利亚的人员。在里瑟和根的协助下，肖击倒了他们，并追踪到了撒玛利亚的老窝，带走了格瑞尔。芬奇把他们叫到了一个教堂。 肖从格瑞尔的手臂里发现了一个U盘，芬奇试图破译这个重重加密的U盘。这时，肖开始神志不清，她杀死了格瑞尔，并击伤了里瑟。最后，面对根，肖选择了自杀。 而到了最后的最后，我们才发现，以上情节都是格瑞尔在肖的头脑里进行的模拟实验。通过这些实验，格瑞尔试图操控肖的想法和行为。||第5集@@@@ 芬奇在公寓里接到了里瑟的电话，里瑟询问芬奇地铁站的消息，芬奇告诉里瑟现在还没有新信息。芬奇还告诉里瑟，惠斯勒教授要去图书馆还书，以及他准备升级安全屋的安保系统的事情。芬奇正在实时犯罪监控中心，伊森·嘉文是最新的疑犯。他是寻枪系统的声音分析师，寻枪系统是一个利用安装在全市的麦克风来定位枪击的声音监控系统。弗斯科被人搭讪，那人声称自己是以利亚的朋友，想知道以利亚的死因，并以弗斯科的儿子相要挟 。当得知弗斯科并不知情时，此人猜到里瑟的关键作用，并让弗斯科转达，布鲁斯·莫兰正在找他。 芬奇利用之前在恶意软件中拷贝的信息，复制了一个小型的撒玛利亚，把它置于屏蔽电磁信号的法拉第笼之内，同时，他又复制了一个小型的机器，并使二者进行模拟对抗。芬奇试图用这种方法找到撒玛利亚的弱点。嘉文来到了一个校园附近的公寓，寻找一个叫做克鲁帕·奈克的化学在读博士。 但没人开门，嘉文找到了克鲁帕的同学玛丽，让她带话给克鲁帕，并强行进入了克鲁帕的房间。这时，尾随的芬奇跟了进去。嘉文朝空无一人的房间开了三枪，芬奇急忙掏出枪，制止了他。在芬奇的追问下，嘉文说出了自己来找克鲁帕的原因。三天前，寻枪系统追踪到了发生在克鲁帕房间里的三声枪响，但是系统却识别为爆竹，并不予深究。嘉文凭借自己的天赋，很确信那就是枪声。芬奇也验证了嘉文的说法。 本杰明·哈斯今天向警局提交了克鲁帕的失踪报告，他是一个名叫供给全球的反饥饿非营利组织的领导人。正在这时，弗斯科找到了里瑟，向他说出了今天被威胁的事情。于是，二人分头行动，弗斯科和嘉文前往供给全球的办公室寻找本杰明，里瑟前去找布鲁斯。在供给全球的办公室，本杰明告诉弗斯科，克鲁帕发明了一种储存食品的方法，可以延长新鲜事物的保质期。她原本打算将这一技术低价转让给供给全球，以解决世界范围内的饥饿问题，但一家食品巨头公司哈维斯塔的CEO卡里克也准备出巨资购买这一技术。克鲁帕没有同意，接着就消失了。而之前反对卡里克的一些人，都以失踪告终。这时，里瑟也找到了布鲁斯，并警告他离弗斯科远一些。弗斯科和嘉文从办公室走出时，警察随之而到，并险些对二人开枪。接着，玛丽打来电话，要见嘉文。于是，里瑟和嘉文前往相见。但这时，寻枪系统传来消息，玛丽的公寓里有枪声。里瑟和嘉文闯进公寓，发现玛丽受伤躺地，而凶手正准备逃脱。里瑟追了上去，但没能追上。这时，一帮人围住了里瑟，击昏并带走了他。芬奇和根追踪本杰明提到了网络黑客的线索，发现这是撒玛利亚的行动。他们怀疑是撒玛利亚绑架了里瑟。 弗斯科把嘉文锁在了警局，因为嘉文去哪，哪里就会发生枪击。果不其然，不久，就有人前来刺杀嘉文，所幸弗斯科及时赶到，救下了嘉文。弗斯科对卡里克进行审讯，但没有得到有价值的信息。其实，里瑟是被布鲁斯带走了，他依旧想得知以利亚的死因。里瑟电话通知了芬奇，二人决定，带布鲁斯面见还活着的以利亚。为了救嘉文，根将克鲁帕的技术文件上传到网络，这样嘉文就不再是首要威胁，撒玛利亚于是解除了对嘉文的清除行动。弗斯科对芬奇不告诉自己真相非常不满，决定继续追踪克鲁帕的失踪案件，而这也使他成为了撒玛利亚的监视目标。而这时，机器和撒玛利亚的模拟对战的战绩是：上百亿次对战中，机器无一胜绩。||第6集@@@@ 格瑞尔继续在肖头脑里进行模拟实验，但几千次过去了，肖始终不愿伤害自己的队友，最后总是选择自杀。机器提供的号码是一张结婚证，二人分别是菲比·特纳，一家赛马产业的亿万富豪肯特·特纳的女儿，和公共律师威尔·奥布莱恩。里瑟被派到了菲比的单身派对上，受到了的菲比的姐妹简娜的青睐，于是得到了婚礼的请柬。里瑟发现，新郎的前女友贝卡是这次婚礼的伴娘。而且，肯特有可能为了阻止威尔染指自己的财富，而杀掉他。芬奇也冒充新郎的一个远方叔叔拉尔夫，前去参加婚礼。 福思科继续追踪失踪人口的线索。格瑞尔带肖来到户外，向她显示撒玛利亚比机器更为强大。芬奇和里瑟来到婚礼现场，但首先碰到的是抗议者。抗议的原因是肯特有可能给伤马下药，以让它跑出巅峰状态。里瑟见到了简娜，简娜说出了家族被告上法庭的事情。菲比哭着向姐姐诉说自己看到了威尔和贝卡亲热，被里瑟听到。里瑟还碰到了家族摄影师玛姬，得知她已为这个家族摄影多年。 在地铁站值班的根接到了电话。芬奇撞到了威尔，威尔向他吐露了和贝卡发生的事情真相，原来，是贝卡主动勾引威尔。根带着狗来到福思科的办公室，把一个名叫霍华德·卡彭特的建筑设计师的新案子交给了他，自己前去参加婚礼。这时，婚礼也开始了，芬奇和里瑟发现了两个不速之客。霍华德跟布鲁斯碰了面，正好被福思科追踪到。福思科从布鲁斯口中得知，在五大家族之外，有人想贿赂霍华德，拆毁一处地下管道。 根来到婚礼现场，她给摄影师玛姬下了药，将照相机带给芬奇，但芬奇没能找到刚才两个不速之客的照片。这时，芬奇被威尔请到台上唱歌。里瑟和根再次见到了两个陌生人，并将他们制服。里瑟发现，他们的目标不是新郎，而是玛姬。原来，是凯伦给马下药，但被玛姬拍到了。福思科根据录音找到了即将被拆除的管道，里面竟然躺着数名之前失踪者的尸体，包括霍华德和布鲁斯。格瑞尔让撒玛利亚的化身和肖进行了一场谈话。||第7集@@@@ 福思科住进了医院，根去看望他。福思科依旧希望调查失踪案的幕后黑手，根劝他放手，否则会惹祸上身。根接到了机器的新任务，身份是一个芭蕾舞演员，演出结束后，根救了一个粉丝。第二个任务则是在一家博物馆做演员，根试图和机器进行直接的语言沟通，但被机器一再拒绝。通过截获他人的录音和给根身边的人发短信，机器提供着各种拐弯抹角的线索。根据这些线索，根先拿到了一个电磁感应器，然后穿上一个姑娘带有UFO标记的T恤，并成功躲避了撒玛利亚派来人员的追踪。 根来到一个相信地外生命存在的个人电台，前台带她见到了主播。主播的制作人苏珊昨天辞了职，主播以为根是前来应聘制作人职位的。在接受了主播简短的采访之后，根开始了工作。在电台的观众互动环节，根接到了一个名叫沃伦·福朗科的偏执狂叫打来的电话，他相信中国的卫星正在控制人们的思想。根打电话给里瑟，让他帮忙查询此人的信息。芬奇查到此人是个退伍军人，现在失业。里瑟动身前往此人的住处。 在电台休息时，根试着打听沃伦的信息，却无意听到了主播刚发现的一个秘密。沃伦和主播一起发现，有人在用电磁波干扰产生的声波进行密码沟通。这时，沃伦又打电话进来，说中国人控制了他的思想，他就要自杀。根赶紧通知了里瑟这个消息，里瑟正好赶到沃伦的住处，于是他破门而入，却发现沃伦早已死去。根和里瑟推测出，是撒玛利亚在伪装成沃伦，并试图造成沃伦自杀的假象，因为沃伦破解了撒玛利亚的通信密码。事实正是如此，撒玛利亚现在正在试图杀死主播。 根带着主播逃出电台，这时她意识到，可以利用刚破译的密码给肖传达消息。这时，肖刚结束了第一次真实行动，但她以为还是模拟。里瑟和根就要带主播逃脱时，主播选择留下，并通过电台宣布了他发现的秘密。撒玛利亚杀死了他。芬奇质问机器此事，机器说，他的首要任务是保证人们的自由意志。芬奇仍怀疑机器，而根选择相信机器。||第8集@@@@ 机器提供的最新疑犯是一个国际商人，詹姆斯·孔，孔本应前往伦敦，但在纽约稍事停留。原来他认为自己得了感冒，里瑟尾随他到了医院。医生为他注射了流感疫苗。终于，肖逃跑成功，她用消防斧一路挖到了一座监狱，通过跟犯人交谈，肖得知自己在南非约翰内斯堡。福思科通过调查黑道使用的卡车，找到伊里艾斯之前的手下，通过索要卡车司机的名单，查到了杰夫，杀死克鲁帕的凶手（第5集）。 孔猝然倒地，护士在第一时间为孔进行了电击复苏，但孔还是难免一死。医生找不到其中的原因，因为流感既不会猝死，也不会吐血。医生对医院进行了封锁，芬奇也赶来了现场，和里瑟一起进行调查。医院里，有人通过手机看到新闻，得知医院封锁的原因可能是高致命性传染性病毒，人群开始恐慌。孔的尸检结果显示，在进医院前，孔就得了H5N1型禽流感，再加上为他注射的减毒性人流感病毒，两者是致命而且传染的。 疫情开始蔓延，有人开始咳血。杰夫也在医院，他被撒玛利亚的人员派到这里，并被指示杀死并陷害三名医生。通过和根沟通，芬奇发现幕后操纵者，依旧是撒玛利亚。这三名医生发现了医疗系统的漏洞，而撒玛利亚是医疗系统的建设者，这对撒玛利亚是威胁，于是撒玛利亚试图伪造一起疫情，并陷害于三位医生。里瑟发现了杰夫，但没能阻挡杰夫注射病毒到其中一个医生和福思科体内。事后杰夫逃脱了。机器根据病毒找到了抗病毒剂，根伪装成医护人员把这些抗病毒剂送到了医院，控制了疫情。 格瑞尔的手下拦住了肖，他试图改变肖的想法，让她觉得这次逃跑仍是模拟，但肖没有听信。肖开枪杀死格瑞尔的手下，逃出监狱。肖开上一辆卡车，听到了广播中纽约疫情的消息。福思科申请调离，取消和里瑟搭档，因为他对里瑟隐瞒真相一事再也无法忍受。杰夫和撒玛利亚的手下进行交谈，原来撒玛利亚在利用这次疫情，采集市民的DNA，以实现控制人类的目的。||第9集@@@@ 特里·伊斯顿正在一家处理上亿资金账户的投资公司的门前图谋不轨，芬奇分析这家公司肯定有价值不菲的绝密信息，特里就是来偷这些信息的。里瑟跟随特里发现他手里竟然拿着炸弹，里瑟阻止了特里并将他带回警局调查。 特里似乎非常害怕但他不敢开口透露任何消息，芬奇从特里的手机里恢复出他妻子被绑架的照片。原来是有人用妻子的性命威胁特里，但特里也不知道那人是谁，只能称呼他为“声音”。芬奇认出“声音”就是他们之前遇到的一个罪犯，为了抓到他芬奇决定去寻求以利亚的帮助。 弗斯科抓到了一名叫阿米尔的杀人犯，警局也逮捕了一群名叫“圣堂武士”的混混帮派。里瑟调查处阿米尔曾为“声音”效力过，并且试图找出“声音”的真身，而“声音”为了除掉阿米尔派出“圣堂武士”进警局除掉阿米尔。最终“声音”的真实身份被揭露——特里?伊斯顿，最后以利亚帮助芬奇除掉了特里。||第10集@@@@ 芬奇前往和女友第一次约会的咖啡店回忆往日的时光，不料他的这一举动却暴露了他，里瑟接到“机器”的报警和根一起前去保护芬奇。回到安全屋后，“撒马利亚人”的杀手紧随而来，以利亚依靠以往的人脉将芬奇送往安全地并随行保护他。 可是“撒马利亚人”仍然找到了他们，在护送芬奇的途中以利亚中枪身亡，芬奇被带走。在芬奇被“撒马利亚人”转移的途中，根与肖及时赶到救下了芬奇，在肖的掩护下根带走芬奇驾车离开。逃亡路上，根和芬奇依旧不断被追杀，根劝芬奇不能再像现在这样一味的防守了，是时候用“机器”开展反击了，但芬奇仍然犹豫不决。 在一次被伏击中根中枪了并且他们的车被警察拦下，芬奇被带往市中心的警察局，根被送往了医院。在警察局的芬奇回想到身边的好友一个个的倒下，他终于决定放弃自己那一直谨守的规则，他决心向“撒马利亚人”开战！“机器”解放了全警察局的囚犯帮助芬奇趁机越狱，与此同时，根牺牲的噩耗传来…||第11集@@@@ 芬奇独自一人前往根的家乡得州，似乎是打算前往她的出生地悼念她，“机器”一直陪伴着他。里瑟和肖正打算去寻找芬奇，却接到新的“号码”——美国总统！总统即将出席一个高级别的筹资晚会，里瑟和肖混进了晚会现场对总统实施保护。 里瑟及时发现了定时爆炸装置解除了危机，可是晚上现场的电视剧机屏幕上却出现了警告语，在抓住了一名假扮的服务生后，肖对其一番审问候假装放走他并顺藤摸瓜的找到了恐怖分子的老巢，原来是参议员的妻子为了反对政府对公民的监控行为，而决定为自由而战。 肖在“机器”的帮助下成功脱困，弗斯科发现恐怖分子计划用无人机袭击总统的座驾，最后肖成功延缓了总统上车的时间避免了这次危机。但肖、里瑟、弗斯科都被特勤组逮捕，这时候三位以前的“号码”分别出现救出了他们三人。芬奇前往根家乡的途中来到了一所军事基地，盗取了里面封存的电脑病毒——冰封9，这时芬奇他们唯一能击溃“撒马利亚人”的机会…||第12集@@@@ “机器”知道芬奇一直在犹豫是否要释放冰封9病毒，因为芬奇深知冰封9可以消灭“撒马利亚人”但同时“机器”也将一同消亡。“机器”给芬奇放映着里瑟、肖、弗斯科这些芬奇身边伙伴以前的模拟，给他看一个没有“机器”的世界借此帮他做决定，但最终还是得芬奇自己拿主意。 在“机器”的帮助下，芬奇进入了国家安全局，他将在里面的机房释放冰封9。由于国安局里设置了静电屏蔽场，“机器”只能暂时切断与芬奇的联系，它给里瑟和肖发送信息让他们前来帮助芬奇。就在芬奇即将输入最后的语音密码释放冰封9时，“撒马利亚人”的特工找到了他并控制了他，头目格里亚将自己和芬奇困在密封的房间，在得知只有他一人知道语音密码后，格里亚下令抽空房间的空气打算与芬奇同归于尽。 紧急关头里瑟和肖接通了连接外界的路由器，“机器”重新激活救出了芬奇。最终，芬奇说了出语音密码释放了病毒。||第13集@@@@ 纽约地铁上，几个小混混无端挑衅一个衣着褴褛的流浪汉，却不想被他狠狠收拾了一顿，众人全部被带回警局。警官卡特（塔拉吉·P·汉森 Taraji P. Henson 饰）对这个神秘的流浪汉充满兴趣，正当调查处一丝线索，不想流浪汉竟然被人保释。 原来流浪汉是一个曾经接受过中央情报局特殊训练的特工里瑟（詹姆斯·卡维泽 James Caviezel 饰），而保释他的则是拥有无限的财富的富翁芬奇（迈克尔·爱默生 Michael Emerson 饰）。 芬奇曾为政府研发了一种可识别罪犯犯罪意识的程序，却被政府认为大材小用而关闭了一部分程序。而现在芬奇希望借助里瑟的能力和这一套程序进行“法外执法”，维持正义、制止犯罪。
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